Quando il re Pietro il Grande conquistò le terre lungo il fiume Neva nel 1703, decise di costruire una fortezza per proteggere l'area da possibili attacchi da parte dell'esercito e della marina svedese. La Fortezza di Pietro e Paolo fu fondata su una piccola isola nel delta del Neva il 27 maggio, 1703 (16 maggio secondo il vecchio calendario), e quel giorno divenne il compleanno della città di San Pietroburgo. Gli svedesi furono sconfitti prima che la fortezza venne completata.
Per questo motivo, dal 1721 in poi Fortezza ospitò parte della guarnigione della città e divenne un carcere politico di massima sicurezza. Tra i primi detenuti vi fu Alexei, il figlio ribelle di Pietro. In seguito, l'elenco dei carcerati famosi incluse: Dostoevskij, Gorkiy, Trotsky e il fratello maggiore di Lenin, Alexander.
Nel mezzo della fortezza si erge l'imponente Cattedrale di Pietro e Paolo, il luogo di sepoltura di tutti gli imperatori russi e le imperatrici, da Pietro il Grande ad Alessandro III. La Cattedrale fu la prima chiesa della città ad essere costruita in pietra (tra 1712-1733) e il suo design è curiosamente insolito per una chiesa ortodossa russa.
In cima alla guglia dorata della cattedrale si trova un magnifico angelo dorato che regge una croce. La guglia è alta ben 404 metri. La cattedrale è l'edificio più alto della città.
Altri edifici della fortezza includono: il Museo di Storia della città e della Zecca, uno degli unici due luoghi in Russia dove sono coniate monete e medaglie.